学校前身为周屋学堂，清朝康有为曾到此讲学。 莞城解放为两隅小学，几经拼校，更名为运河小学。 1986年政府投资，拆去原莞城二中校舍，搬迁至现址。 2001年经政府投资，扩建到现今规模。
学校占地面积4205平方米，建筑面积5479平方米。 现有教学班24个，学生1095人。教职工55人，中青年教师占绝大多数，教师队伍结构配置合理，具有丰富的教学经验。教师学历达标率100%。
学校以“团结守纪 文明好学。”为校风;“团结勤奋 活泼向上。”为校训;“团结进取 善教爱生。”为教风。从课堂教学改革、师资队伍建设、学生法制教育和心理健康教育，特色教育研究等方面入手，以科研为先导，进行多项市科研课题的研究。以二胡、田径训练为特色，全面推进素质教育。
学校在领导班子的带领下，全体教师善教爱生，使全校形成良好的校风、教风、学风，教学质量逐年稳步提高，得到社会的认同。近几年学校屡获教育、卫生、安全、妇女等奖项。二胡演奏队曾获得东莞市第五届少儿艺术花会金奖;第二届中小学文艺展演东莞赛区选拔赛一等奖、广东省第二届中小学文艺展演一等奖、全国第二届中小学文艺展演一等奖;并多次参加市、区的文艺演出获得领导的赞同。学校在2006年和2007年连续两年被莞城区政府授予“教育先进单位”;学校二胡队参加广东省第二届中小学艺术展演，获广东省教育厅一等奖;参加全国第二届中小学艺术展演，获中国教育部一等奖。
学校将承前启后，团结进取，开拓创新，在奋发有为的领导班子的带领下，经过全校师生的共同努力，程现在你眼前的会是一个全新的运河小学，运河小学将会有一个更灿烂辉煌的明天!