东莞市第二高级中学创办于1995年，起初只有初中，1999年开始招普通高中。2003年初中分离办学，2004年易名为东城高级中学，属镇办中学。2007年收回市教育局，2012年更名东莞市第二高级中学，属市办高中。学校位于风景秀丽的黄旗山北麓。学校教学设施完备，校园环境优美，文化氛围浓厚。几年来，学校确立“以学生发展为本”的办学理念，全面推进素质教育。学校坚持依法办校，以德治校，科研兴校，取得显著成绩。
学校形成了优良校风，普通高考省线入围人数连续三年稳步递增。2002、2003年共有393人被高等院校录取，录取率分别为82.2%、95.3%。学校被华南师范大学确定为国家211工程重点学科“学习与人的素质发展”实验基地，学校先后获得“东莞市科技教育先进集体”、“东莞市群众体育先进单位”、“东莞市教育系统文明学校”、“东莞市先进集体”、“东莞市文明单位”等多项荣誉称号。
体艺特色初步显现。田径队参加市中学生田径比赛，2003年获高中组团体总分第二名，2005年、2006年分别获高中组团体奖牌总数第五名，学校被市教育局定为田径传统项目学校。学生袁灿鸿2004年高考体育术科成绩名列全市第一名；美术生2007年5人参加高考术科考试，5人上了本科资格线，学生成龙兴高考速写单科成绩并列省第一名，术科总分名列全市第一，2008年8人参加高考术科考试，8人上了本科资格线，2009年34人参加高考术科考试，28人上了本科资格线。
德育取得明显成效。学校坚持育人为本，德育为先，把立德树人作为教育的根本任务。坚持教育与管理同步，通过专题教育、主题班会、心理辅导、校园文化活动、量化评比、社会实践等一系列德育工作，通过严格规范的管理，提高学生思想道德素质，收到显著效果。学校形成了良好校风，教师安教乐教，学生德育考核优良率90%以上，后进生转化率80%以上，违法犯罪率为零。
高考录取保持良好态势。2002至2008年共为高等院校输送新生1840人，其中本科221人，专科1619人，录取率为89.7%。学校多次受到表彰。先后获得 “东莞市教育系统文明学校”、“东莞市科技教育先进集体”、“东莞市群众体育先进单位”、“东莞市先进集体”、“东莞市文明单位”、“东莞市三五普法先进单位”、“东莞市绿色学校”、 “东莞市一级学校”、“东莞市现代教育技术实验学校”、“东莞市文化建设先进学校”等多项荣誉称号，还十一次被评为“东城区文明建设先进单位”。