芳村小学前身为至爱初等小学堂，地址在谢氏宗祠内，还有观潮和碧溪两间祠堂作为教学和学生活动场所。学堂创办于光绪三十一年（1905年）。当年，旅美侨领谢行川先生有感家乡子弟求学困难，集资捐建学校。他从海外回国后，重修当时的谢氏学堂，改名为至爱初等小学堂。当时的校训是“至诚、亲爱、勤奋、刻苦”。
至爱小学堂又是革命的摇篮，1924年在这里成立了广州市郊区第一个农民协会，成为训练农民自卫军的基地，培养了一批批革命志士。
1938年期间，由于芳村中市一带遭到恐怖镇压，不少居民逃离中市到别处居住，因此，至爱小学停办了几年。1944年，学堂继续开办，1945年改名为至爱小学校。
建国初期，至爱小学仍为私立学校，1956年改为公立学校，先后定名为芳村第三小学、塘边街小学，“文化大革命”期间，更名为东方红小学，1978年改名为芳村小学。作为当时区内四所中心小学之一，学校办学规模发展较快，教育教学质量也在区内稳居前茅，1995年学校被评为省一级学校。1998年，增设红棉苑分校。
2003年7月6日，学校整体搬迁至翠竹苑小区，掀起了发展史上的新篇章。新校园占地面积13315平方米，建筑面积13599平方米。
学校以“崇真尚美”为办学理念，围绕“弘扬传统美德、兼容中西文化、塑造崇真品格、奠基理想人生”的办学思路，全力打造“人文科技”的办学特色。