肇庆医学高等专科学校始建于1958年，前身为中山医学院肇庆分院，于2004年5月升格为肇庆医学高等专科学校，是广东省唯一一所独立建制的公办医学高等专科学校,即将在2017年升格为公办医学本科医学院。
1958年建校，前身为中山医学院肇庆分院，后更名为广东省肇庆卫生学校。
1994、2000年学校被国家教委、教育部授予重点中专学校称号。
1993年、1999年与广东医学院、中山医科大学联合办学，分别设立广东医学院肇庆教学部和中山医科大学肇庆教学点。
2004年5月经教育部批准升格为全日制普通高等专科学校，成为我省唯一一所独立设置的医学专科学校。