学校注重加强管理，实施素质教育，创造适合学生发展的教育模式，努力更新教师的教育教学观念，不断提高教师的教育水平和业务素质。注重学生的养成教育，努力培养学生成为会学习、会生活、明是非的可持续发展的人。
学校还十分重视社区教育资源的开发和利用，努力开发具有本校特色的校本课程，通过大量的实践和深入探究，目前开发了 “古城历史与文化”、“制陶艺术”、“民族乐器”、“围棋”、“乒乓球训练”和“中华武术“等校本课程，建起了具有一定规模的制陶实验室，率先在南山区开设陶艺制作课。拓展学校的教育空间，激发了学生的兴趣和爱好。
学校还成立了以学生为主体的“古城剧社”、“古城文学社”、“古城民乐团”，学生演出的小品剧、民乐演奏多次在市、区比赛中荣获金奖。
学校主要获奖情况：2002年12 月，学校荣获深圳市“花园式园林式达标单位”称号；2003年3 月成为南山区第一所被授予“警校共建安全文明学校”称号的学校；2004年9月学校获得南山区教育先进单位称号；2004年10月被评为“南山区安全工作先进单位”；2005 年4月学校在第三届“全国中小学生信息技术创新与实践活动”中荣获先进单位称号；2005年5月学校被评为南山区体育项目特色学校；2005年6月获得“深圳市绿色学校”的荣誉称号；2005年8月在“中国少年儿童平安行动”中荣获“平安校园”称号；2005年11月袁媛同学被国家公安部和中央电视台联合授予“中国骄傲”荣誉称号；2005年12月学校晋升为市一级学校；2006年5月学校波比足球队代表我国在德国举行的第五届世界杯比赛中荣获团体亚军称号；2006年9月学校再度获得南山区教育先进单位称号……
历史进入新的世纪，南头城小学也正从新的起点出发，不断实现超越，朝着古城人信赖的优质学校和品牌学校的目标迈进。