2000年5月20日，北大附中深圳南山分校诞生在雄伟的南山脚下，旖旎的珠江口左岸。它是北京、香港科技和深圳市政府三方合作的深港产学研基地的基础教育发展项目，是深圳市南山区教育局和北京附属联合创办的集、初中、高中为一体的寄宿制国有民办学校。
建校之初，北京大学校长许智宏挥毫题词“继承北大传统，创办一流名校”加以勉励。自此，北大精神扎根南国发荣滋长，琅琅书声伴随特区天籁齐鸣。
北大附中深圳南山分校东依科技园，西眺伶仃洋，北出南头关，南抵蛇口港，是南山区一所全新的现代化、花园式学校。南山区山海景致迷人，半岛风情浓郁;经济文化繁荣，科技、教育力量雄厚;深圳湾大桥从海上飞跨香港，沿江西部通道贯穿珠三角腹地。在改革开放发展成果的强劲支撑下，南山区政府继续解放思想，锐意突破创新，以国际化眼光定位城市发展模式，以率先姿态倾力打造广东省教育示范强区。北大附中深圳南山分校坐拥如此得天独厚的区位优势和卓越的人文地理环境，可谓物华天宝，钟灵毓秀。
经历十二年风雨彩虹，北大附中深圳南山分校在特区教育这片肥沃的土壤里，已经根深叶茂，华盖擎天。她以“培养人格健全、学力宽厚、具有中国灵魂世界眼光的现代人”为目标，高屋建瓴，特色彰显，开拓了“广东省一级学校”、“广东省首届十佳民办学校”“国家首届教育科研百强校”、“广东省普通高中教学水平优秀学校”、 “广东省现代教育技术实验学校”、深圳市2011-2014年（高尔夫）体育传统项目学校、“南山区教育现代化示范校”的辉煌之路，沃灌着一颗颗在北大文脉的熏陶中、在自主发展的精神家园里健康成长的快乐心灵，造就出一批批思想活跃、富于理想、敢于置疑、勇于创新的莘莘学子。如今，在已经毕业的初中生、高中生当中，有六十多人以优异成绩先后考入英国剑桥大学、美国图兰大学、加拿大多伦多大学、澳大利亚悉尼大学、日本早稻田大学等国外知名学府深造，有二百多人考入国内北大、清华、中国人大、香港大学等重点大学学习。在多年成功的素质教育实践和跨越式发展中，学校办学优势和办学成果亮点纷呈，2006年、2009年、2011年被评为“深圳市高考工作先进单位”，历年中考成绩始终位居南山区前茅，成为南山区“教育系统先进单位”、“校园文化建设特色学校”、“校园安全工作先进单位”、“深圳市安全文明校园” 、“广东省巾帼文明岗”，荣获“南山区教育系统十二五规划卓越奖”、“第26届大学生运动会特别支持奖”、南山区教育系统大运工作先进单位、第九届学生网络夏令营学校组织奖、深圳市中小学校园网评比优秀奖、2011年度“南山区教育系统校车管理先进单位”。今天，北大附中深圳南山分校以其自身强大的优质教育品牌优势和扎实办学形成的良好社会声誉，在深圳特区民办基础教育领域成为一面领军的旗帜